Sultan Üçüncü Mehmed 26 Mayıs 1566'da Manisa'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Murad, annesi Safiye Sultan'dır. İsmini, Fatih Sultan Mehmed'e benzemesi için, büyük dedesi Kanuni Sultan Süleyman koydu. Orta boylu, kumral saçlı ve güzel yüzlüydü. Çok kuvvetli bir ilim tahsili yaptı ve Tacüt-Tevarih yazarı Hoca Sadeddin Efendi'den dersler aldı.

Sultan Üçüncü Mehmed, 1583'te Manisa sancakbeyliğine tayin edildi. 1595 yılının Ocak ayına kadar görev yaptığı Manisa'dan, babasının ölüm haberi üzerine hareket ederek, 27 Ocak 1595 tarihinde geldiği İstanbul'da Osmanlı tahtına oturdu.

Sultan Üçüncü Mehmed annesini çok sever, sayar ve dinlerdi. Bundan yararlanan annesi Safiye Sultan, Osmanlı sarayında hakimiyet kurdu. Bazı konularda padişahı zorlayıp istediğini yaptırıyor, bu da devlet işlerinde karışıklıklara sebep oluyordu. Dinine çok bağlı ve tasavvufa da son derece meraklıydı.

Hz. Muhammed'in (S.A.V) ismi anılınca, saygısından derhal ayağa kalkardı. Üçüncü Mehmed devri duraklama dönemine rastlar. Sultan Üçüncü Mehmed, kolayca üzüntüye kapılır, yemekten, içmekten kesilirdi. Celali isyanları ve İran savaşlarının çok uzun sürmesi onu büyük üzüntü içinde bıraktı. İçkiyi sıkı bir şekilde yasaklayıp, bütün gizli meyhaneleri kapattırdı.