Kıbrıs'ın alınması Avrupa'da bir Haçlı donanmasının hazırlanmasına neden oldu. Don Juan komutasındaki Haçlı donanmasında Venedik, İspanya, Malta, Papalık ve diğer İtalya hükümetlerine ait gemiler bulunuyordu. Osmanlı Donanmasının değerli komutanları Pertev Paşa ve Uluç Ali Paşa bu karşılaşma sırasında savunma yapılmasını istedilerse de Kaptan-ı Derya Ali Paşa saldırıda bulunulmasını istedi.

İki donanma Mora'nın kuzey, Orta-Yunanistan ile Karlıeli'nin güney kapılarında bulunan İnebahtı körfezinde karşılaştı (7 Ekim 1571). Şiddetli çarpışmalardan sonra Kaptan-ı Derya Ali Paşa ve beraberindekiler şehit düştü. Osmanlı donanması beklemediği bir darbe aldı ve çok sayıda gemisi batırıldı. Savaşta büyük başarılar göstererek gemilerini kurtarmayı başaran Uluç Ali Paşa Sokullu Mehmed Paşa tarafından, Kaptan-ı Deryalığa getirildi.

Sokullu Mehmed Paşa yeni bir donanma hazırlamasını istedi. Bunun için çok sayıda malzemeye ihtiyaç olduğunu kısa süre içinde böyle bir donanmanın hazırlanmasının zor olduğunu söyleyen Uluç Ali Paşa'ya Sokullu; "Bütün donanmanın demirlerini gümüşten, halatlarını ibrişimden, yelkenlerini atlastan yapabiliriz. Hangi geminin malzemesi yetişmezse gel benden al." demesi Osmanlı Devletinin o dönemdeki gücünü göstermesi açısından önemlidir.

Sokullu Mehmed Paşa gönderilen Venedik elçisine İnebahtı Deniz Savaşıyla ilgili olarak "Biz Kıbrıs'ı almakla sizin kolunuzu kestik, siz İnebahtı'da bizi yenmekle, sakalımızı traş ettiniz. Kesilen kolun yerine yenisi gelmez, fakat kesilen sakalın yerine daha gür çıkar." Bununla beraber İnebahtı faciasından sonra kaybedilen binlerce denizciyi yerrine getirmek kolay olmamış ve tecrübesiz, leventlerden teşkil edilen yeni donanma Osmanlı'ya Akdeniz'de eski kudretini kazandıramamıştır. Artık Avrupa siyasetini yönlendirecek ve ticaret yollarını hakimiyet altına alacak Hint Seferleri gibi büyük projelere de edilmemiştir.