Osmanlı Devleti'nin en ıslahatçı padişahlarından biri olan Sultan Üçüncü Selim, Osmanlı Devleti'nde bugüne kadar gerçekleştirilememiş bir düzenleme yaparak Nizam-ı Cedid ordusunu kurmuştu. Bu köklü yeniliklerden memnun olmayan ve önemli görevlerde bulunan bazı devlet adamları Osmanlı-Rus Savaşı'nın devam ettiği yıllarda, İstanbul'da bulunan Yeniçeri Ağaları ile Nizam-ı Cedid'i ortadan kaldırma planları yapıyorlardı. Kendilerine Nizam-ı Cedid kıyafeti giydirmekle görevlendirilmiş olan Raif Mahmud Efendi'yi öldüren yeniçeriler, Kabakçı Mustafa'nın liderliğinde ayaklandılar.

Osmanlı hükümeti bu gelişmeler üzerine derhal toplanarak ayaklanma ile ilgili kararlar almak istedi. Ancak Sadaret Kaymakamı Köse Musa Paşa ayaklanmanın ciddi bir hadise olmadığını, Nizam-ı Cedid birliklerinin de olaya müdahale etmesinin yersiz olacağını bildirdi. Bu sayede meydanı boş bulan asiler, daha fazla taraftar topladılar. Nizam-ı Cedid'in kaldırılmasını isteyen asilere müdahalede çok geciken, Sultan Üçüncü Selim, Nizam-ı Cedid'i kapatmak zorunda kaldı. İstekleri yerine getirilen asiler buna rağmen ayaklanmaya son vermediler.

Sultan Üçüncü Selim'e olan yakınlıkları ile tanınan 11 devlet adamının kendilerine teslim edilmesini isteyen asiler, Şehzade Mustafa ve Şehzade Mahmud'un da hayatlarının tehlikede olduğunu öne sürerek kendilerine yollanmasını ve Sultan Üçüncü Selim'in tahttan inmesini istediler.

Bu istek karşısında Sultan Üçüncü Selim, "Böyle isyankar tebanın hükümdarı ve halifesi olmaktansa olmamak daha iyidir" diyerek padişahlıktan ayrıldığını açıkladı (29 Mayıs 1807).Sultan Üçüncü Selim, tahttan indikten sonra sarayda bir yıl daha yaşadı. Alemdar Mustafa Paşa'nın kendisini tekrar tahta çıkarmak için ayaklandığı sırada, Sultan Dördüncü Mustafa tarafından öldürüldü.

Başladığı ilerleme hareketlerinde başarısızlığa uğramakla beraber, Osmanlı İmparatorluğu'nda Avrupa'ya yönelişin ilk temelleri sayılacak önemli işler gördü. Avrupa askerlik örgütünü ve bilgilerini ülkeye sokması, müsbet bilimlere önem veren teknik okullar açması başarılı işlerindendir.