Aziz Ioannes Kilisesi ilk olarak M.S. 4. yüzyılda, Ioannes'in mezarı üzerine ahşap çatılı bir bazilika olarak inşa edilmiştir. Semavi Eyice, Aziz Ioannes'in mezarı üzerine yapılmış olan kilisenin kiborium planlı olduğunu belirterek, bunun daha sonra serbest haç şeklindeki büyük bir bazilikanın içine alındığını ileri sürmektedir. Söz konusu bu son yapı, İmparator I. Iustinianus (527-565) döneminde üzeri kubbelerle örtülü altı bölmeden oluşan "serbest Latin haçı" şeklindedir. Bu kilise dıştan bir çevre duvarı ile korunaklı hale getirilmiştir. Çevre duvarlarında değişik planlarda 20 kule ve üç kapı bulunmaktadır. Kapıların içinde bugün en görkemlisi olan ve kilise önündeki otoparka açılan "Takip Kapısı" olarak da adlandırılan kapıdır. Doğuda ve batıda iki kapı daha mevcuttur.

Serbest Latin haçı planlı olan yapı, 110x40 m. boyutlarındadır ve üç neflidir. Bu kilisenin altı büyük kulesi vardır. Yan nefler ise tonozlarla örtülüdür. Kubbeler mermer ve tuğladan yapılmış kalın ayaklar tarafından taşınmaktaydı.

Orta nef sonunda, apsis önündeki mezar mekanının zemini naos zemininden yükseltilerek önemi vurgulanmıştır.

Kilisenin batı ucunda 34x47 m. ölçülerinde atrium vardır. Atrium eğimli bir arazi üzerindedir. Bu yüzden eğim, bu kısımda zeminin yükseltilmesi ile giderilmiştir. Sütunların taşıdığı revaklı atriumun dış taraflarında korkuluklu gezinme yerleri bulunmaktadır.

Atrium ve naos arasında yer alan narteks ince uzun bir plan göstermektedir. Kilise ile atrium alan bağlantısı mermer bloklarla yapılmış olan lentolu üçer kapı ile kurulmuştur. Geç dönemde atrium ile narteks arasına duvar ve kapıların eklenmesi ile eksonarteks oluşturulmuştur. Narteksin üzeri ise beş küçük kubbe ile örtülüdür.

Kuzey transept nefi tarafında şapel yer almaktadır. Üzeri geçici olarak ahşap çatı ile örtülmüştür. Önceleri arkadaki hazine dairesinin bir parçası iken, 10. yüzyılda şapele dönüştürülmüştür.

Vaftizhaneye Hazine Dairesi'nin önündeki dar holden ulaşılmaktadır. Kuzey nef ve kilise arasında uzanan dar bir koridor vardır. Vaftizhanede ortada sekizgen planlı vaftiz salonu, çevresinde bir koridor ve iki yanında apsisli iki salon vardır. Vaftizhane salonunun tam ortasında iki yönden merdiven ile inilen yuvarlak vaftiz havuzu bulunmaktadır. Vaftizhanenin sekizgen planı nişlerle genişletilmiştir.